Mottem strategie Akademie věd ČR pro 21. století je „Špičkový výzkum ve veřejném zájmu“, což vyjadřuje zájem AV ČR profilovat se výrazněji jako instituce, jejímž posláním je špičkový výzkum zaměřený na problémy a výzvy, kterým čelí současná společnost. Základním nástrojem pro realizaci Strategie AV21 je soubor koordinovaných výzkumných programů, využívající mezioborových a meziinstitucionálních synergií s cílem identifikovat problémy a výzvy dnešní doby a koordinovat výzkumné úsilí pracovišť Akademie věd směrem k jejich řešení.

Biologické centrum koordinuje výzkumný program ZÁCHRANA A OBNOVA KRAJINY a podílí se na dalších programech.

Od roku 2021 koordinuje Biologické centrum také výzkumný program VIROLOGIE A ANTIVIROVÁ TERAPIE.

Do roku 2019 bylo Biologické centrum koordinátorem programu ROZMANITOST ŽIVOTA A ZDRAVÍ EKOSYSTÉMŮ.